Татарский мурза Чет, бежав из Золотой Орды, перешел на службу к Ивану Калите, и был крещён с именем Захарий.
Предание говорит, что в болезни было ему видение апостола Фомы и священномученика Ипатия Гангрского, и, исцелившись, он основал монастырь в их честь.
От Захария пошел род Годуновых, благодаря поддержке которых монастырь рос и богател, к концу 16 века у него были мощные каменные станы с башнями, могучий Троицкий собор и другие храмы, многочисленные жилые и хозяйственные постройки.
В Смутные времена обитель была в руках сторонников патриарха Филарета, в ее стенах жила его семья – Инокиня Марфа и юный Михаил Романов.
13 марта 1613 года сюда прибыло посольство Земского собора просить Михаила на царство.
Царское покровительство позволило монастырю и в дальнейшем процветать и расширяться, в нем проходили торжества в год 300-летия династии Романовых.
После революции монастырские строения были приспособлены под различные цели – общежития, приюты, казармы.
В 1958 г. был создан Государственный историко-архитектурный музей-заповедник, с 1991 г. возобновилась жизнь монашеской общины.
Достопримечательности по пути следования с пуш-уведомлениями и указанием борта.