С 9 века стоял в истоке Шексны город Белозерск, в котором, согласно летописи, правил Синеус – брат Рюрика. В 1352 году город был перенесен на другое место, а через сто лет появляются первые сведения о деревне Крохинской.
Выгодное положение позволило ей стать важным торговым центром, ее жители зарабатывали изготовлением лодок-белозерок, оказанием лоцманских услуг и перевалкой грузов.
В 1846 году обходной канал вокруг Белого озера обошел Крохино стороной, наступил упадок. А в 1964 году из-за строительства Шекснинского гидроузла уровень реки поднялся на 5 метров, и территория села ушла под воду.
На 2/3 оказалось затоплено городище на месте древнего Белоозера, и земли Троицкого-Усть-Шехонского монастыря - первого в белозерском крае, основанного в 1238 году.
Еще в 1788 году на возвышенном месте была построена каменная церковь во имя Рождества Христова. При затоплении Крохино она осталась стоять, полностью окруженная водой. Ее стены постепенно ветшали, со временем рухнула кровля, обвалилась колокольня. С 2011 волонтеры ведут работы по спасению церкви.
Достопримечательности по пути следования с пуш-уведомлениями и указанием борта.