В 1261 году, в самый разгар монголо-татарского ига, в столице Золотой Орды городе Сарай-Бату учредили епископскую кафедру – для русских князей-заложников и многочисленных пленников.
Возглавлял ее епископ Сарайский и Подонский, в Москве он владел подворьем – это был Петропавловский монастырь в «Крутицах», так называли высокий левый берег Москвы-реки ниже устья Яузы.
К 1454 г. политическая ситуация изменилась, и Сарайский епископ, теперь постоянно живший на подворье, стал именоваться митрополитом Крутицким и играть роль местоблюстителя Патриаршего престола.
В июле 1612 второе ополчение Минина и Пожарского именно здесь давало клятву освободить Москву.
После Смутного времени монастырь был в расцвете: построена новый Успенский собор с шатровой колокольней, церковь Воскресения Словущего, Митрополичьи палаты, Крутицкий теремок, разбит декоративный сад, устроена библиотека.
После упразднения в 1788 г. Крутицкой епархии все здания были переданы Военному ведомству, через сто лет его начали восстанавливать, но не успели – случилась революция, подворье вновь передали военным структурам, и только с 1991 г. стали возвращаться церкви.